Takket være utviklingen av teknologier brukes raske mikrobiologiske metoder i dag, og mikroorganismer i en prøve kan raskt oppdages og identifiseres ved bruk av biologiske, biokjemiske, molekylære eller kjemiske midler.

Siden mange konvensjonelle metoder for mikrobiologisk analyse er tidkrevende, brukes nå nye metoder for mikrobiologisk testing som hindrer eller i det minste forsinker veksten av målmikroorganismen.

Mattrygghet er en topp prioritet for matproduserende selskaper. Mikrobiologiske spesifikasjoner, regler og standarder blir nå lagt til de endelige produkttestene for mikrobiologisk sikkerhet. For eksempel er HACCP kritiske kontrollpunkter basert på forhåndsbestemte mikrobiologiske kriterier for å bekrefte at applikasjoner som Hazard Analysis System og ISO 22000 Food Safety Management System fungerer.

Når et uventet forverringsproblem oppstår, eller når et antall mikroorganismer oppdages i et produkt- eller fabrikkmiljø, vurderer situasjonen, forstå hvordan det er og hva det er relatert til, vet hva de skal gjøre og iverksette tiltak for å forhindre at det gjentar seg, er faktorer som skaper tillit til mattryggheten. Måten å oppnå dette på er gjennom mikrobiologiske tester. For å bestemme forurensningskilden, bør detaljerte tester av relevant mikroorganisme utføres og identifiseres.

Holdbarheten er ventetiden etter produksjonen på et matprodukt som er akseptabelt for konsum. I løpet av denne tiden må produktet forbli trygt og ha akseptable sensoriske, mikrobiologiske og kjemiske egenskaper. Generelt er ingen utløpsdato gitt til noe produkt som kan forårsake vekst av sykdomsfremkallende mikroorganismer.

Derfor må alle faktorer som påvirker veksten av mikroorganismer være kjent på forhånd. Produktformulering, som senking av surhetsgrad, salt og sukker i matvarer og bruk av naturlige konserveringsmidler i stedet for konvensjonelle kjemikalier, påvirker produktens holdbarhet. I mikrobiologiske tester er det forhåndsbestemt hvordan forskjellige mikroorganismer vil reagere på forskjellige måter.

Bare fordi en organisme er i et produkt, betyr ikke det at den vil skape et problem eller sette produktets holdbarhet i fare. De fleste patogener og nedbrytende mikroorganismer trenger å overleve og vokse for å nå et visst risikonivå. Mikrobiologiske utfordringstester er en studie for å bestemme atferden til mikroorganismer i et produkt, og de involverte organismer inokuleres med vilje i produktet.