Благодарение на разработваните технологии, днес се прилагат бързи микробиологични методи и микроорганизмите в пробата могат да бъдат открити и идентифицирани бързо чрез използване на биологични, биохимични, молекулярни или химични средства.

Тъй като много конвенционални методи за микробиологичен анализ отнемат време, нови методи за микробиологично изследване, които възпрепятстват или поне забавят растежа на целевия микроорганизъм, са широко използвани.

Безопасността на храните е основен приоритет за производителите на храни. Понастоящем към крайните тестове за микробиологична безопасност се добавят микробиологични спецификации, правила и стандарти. Например, критичните контролни точки на HACCP се основават на предварително определени микробиологични критерии, за да се провери дали приложения като система за анализ на опасностите и система за управление на безопасността на храните ISO 22000 работят.

При възникване на неочакван проблем с влошаването или когато се открият редица микроорганизми в среда на продукт или фабрика, оценката на ситуацията, разбирането на това каква е и с какво е свързано, знанието какво да се прави и предприемането на предпазни мерки, за да се предотврати повтарянето им, са факторите, които създават доверие в безопасността на храните. Начинът за постигане на това е чрез микробиологични тестове. За да се определи източникът на замърсяване, трябва да се извършат и идентифицират подробни тестове на съответния микроорганизъм.

Срокът на годност е времето за изчакване след производството на хранителен продукт, приемлив за консумация. През това време продуктът трябва да остане безопасен и да има приемливи сензорни, микробиологични и химични свойства. По принцип, не се дава срок на годност на който и да е продукт, който може да причини растеж на патогенни микроорганизми.

Следователно всички фактори, които влияят на растежа на микроорганизмите, трябва да бъдат известни предварително. Формулировката на продукта, като понижаване на киселинността, нивата на сол и захар в хранителните продукти и използването на естествени консерванти вместо конвенционалните химикали, влияе върху срока на годност на продуктите. При микробиологичните тестове е предопределено как различните микроорганизми ще реагират по различни начини.

Само защото един организъм е в продукт, не означава, че той ще създаде проблем или ще застраши срока на годност на продукта. Повечето патогени и деградиращи микроорганизми трябва да оцелеят и да растат, за да достигнат определено ниво на риск. Микробиологичните тестове за изпитване са проучване за определяне на поведението на микроорганизмите в продукта и съответните организми се целят да се инокулират в продукта.